La disciplina deportiva será ejercida por la comisión disciplinaria. Está compuesta por tres miembros: uno en representación de la división profesional y uno de la división aficionada. El tercer miembro será elegido por el Comité Ejecutivo de la Federación. Periodo 2022 a 2026.

Estos son los miembros actuales de la Comisión Displinaria de la FCF.

• JORGE JAECKEL (DIMAYOR)
• JUAN ESTEBAN CARDONA ARIAS (Difútbol)
• LUIS FELIPE HENAO (FCF)